对“南海Ⅱ号”进行过数次海底探摸的省文物考古所研究专家崔勇告诉记者，船体保存较为完好，“船上的甲板有10余公分厚，依然坚硬不朽”。水下考古专家称，船上密密麻麻摆放着整摞整摞的瓷器。由于目前出水的200件瓷器绝大多数产自明代万历年间，依据专家经验，这艘船被鉴定为一艘明代商船。

　　掩埋于一层厚厚的海底淤泥之下的“南海I号”，得以保存800余年，“南海Ⅱ号”在海底的姿态和尊容如何？崔勇告诉记者，“南海Ⅱ号”沉没于20多米深的海底，周身也有柔软的细沙包围，尽管甲板裸露在海水中，但上面有一些珊瑚覆盖。有专家分析道，也许正由于附近多暗礁，许多船只过而不停，也许才保证了“南海二号”沉睡海底数百年而不被惊扰。也有专家初步认为，“南海Ⅱ号”的沉没很可能就与触礁有关。