“首长特别费”的用途相对笼统，只规定用在“因公招待、馈赠及犒赏所需”，至于如何用、何时用、额度多少，属于“首长”的权限，外人无从置喙，但是支用的程序必须合法，并应接受“审计部”的查核。“特别费”弹性较大﹐可以有一半不须检附单据。

马英九“特别费”案是以消费的大面额发票取代琐碎的小额发票﹐目的是为了简化行政，属于程序上的“瑕疵”，但承办的市府秘书处组员余文也有伪造文书之嫌。

“特别费”的支领，有很大弹性，不需发票报销的部分，可领支票、现金或汇入私人账户，包括陈水扁、苏贞昌等，皆领取现金，马英九与代理高雄市长叶菊兰等人一样，选择汇入账户，这部分应无不法。

“特别费”可以说是给“首长”的“补助费”，全台有6500名“公务首长”领取，为了防弊，“预算审计法”规定“特别费”的一半需发票报销，另一半不需发票报销，只需签署领据即可。民进党指马英九特别费中需单据部分与不需单据部分都有问题，前者是指余文以假发票核销，余文已经被检方列为被告，但迄未查出有钱流向马英九口袋。

马英九比较难澄清的是不需单据部分，因为马的特别费每月直接汇入市长账户﹐造成特别费入私帐的争议﹐但这问题并不仅发生在马身上﹐全台6500名“首长”皆然﹐因为主计单位并未要求设立特别费“专户”。

对马英九而言﹐不用单据的“特别费”﹐几年下来已经陆续支用﹐要准确说明流向﹐实是强人所难﹐对马相当不利。矛盾的是﹐直接以现金支领“特别费”者﹐如陈水扁、苏贞昌﹐审计单位无从查核﹐将特别费汇入账户者﹐如马英九、叶菊兰﹐钱的流向相对透明﹐却要面临检方查办。（包玮玮根据媒体相关报道整理）