9月1日

民进党前政策会副执行长、“新潮流”政协梁文杰来京、沪访问。

国民党新竹市苏州交流访问团与苏州台商展开座谈。

9月2日

民航总局正式批准长荣、中华、立荣与华信等4家台湾航空公司飞越大陆空域的申请。

    国民党主席马英九接受岛外媒体专访时强调，“如果国民党执政，两年内一定完成两岸三通直航”。马表示，他将“竭力促使海峡两岸结束56年来的分裂状态，达到两岸统一”。马同时还赞扬胡锦涛总书记采取了实际行动改善两岸关系。对此，陈水扁6日称，“任何政党或任何人执政都不可能实现三通”。

9月4日 

陈水扁公开宣称，任内“绝对不可能承认大陆学历”。并称，一定要在“民主、和平、对等”的条件下，和中国大陆协商“三通”直航。

9月12日 

陈水扁就当前两岸关系宣称，“我们的两岸政策是‘争取谈、不怕拖’，但我们不可能像香港一样接受‘一国两制’”，两岸间的歧见“应该通过民主、和平、对等的原则来解决”。

9月14日 

亲民党主席宋楚瑜率团到上海参加第一届两岸精英论坛，就发展两岸关系提出在“桥不可断，势不可弱，门不能关，心不能乱”“四不”前提下，“没有迟疑与退却的理由”的“新四不一没有”。17日，宋返台后在台湾机场呼吁当局正视直航重要性。

9月19日 

李敖由台北经香港抵达北京，展开为期9天的“神州文化之旅”。

9月22日 

陈水扁在美国迈阿密侨宴上首度公开宣称“愿无条件、不限时地与胡锦涛会谈”。

9月26日 

台“陆委会”通过“大陆地区出版品电影片录影节目广播电视节目，进入台湾地区或在台湾地区发行销售制作播映展览观摩许可办法”修正草案，放宽申请时间。

中国国民党身心障碍者保护基金会所组成的大陆参访团，赴大陆拜会江苏省残疾人联合会。

9月28日

台“行政院长”谢长廷宣布，10月3日起开放金、马两地银行试办新台币与人民币直接兑换业务。

9月29日  

“行政院长”谢长廷宣称，“将两岸共同打击犯罪列入两岸协商重要议题，明确要求大陆人民来台均应按捺指纹，以有效解决两岸跨境犯罪问题”。但“陆委会”则称，“近期内无法立即实施”。

前往欧洲访问的中国国民党前主席连战在俄罗斯圣彼得堡大学演说时指出，“两岸爆发战争可能性己大幅降低，如民进党改变立场，接受‘九二共识’，两岸就有复谈机”。