据报道，联合号撞船事件引发的台日钓鱼岛争议，使得“驻日代表”许世楷提出辞呈。马英九表示经过他和刘兆玄跟欧鸿炼讨论后，决定批准许世楷的辞职，而接任的人选，马英九表示“外交部”还在物色，目前由副代表罗坤灿暂代。

但是对于许世楷因为不想到“立法院”备询，受到“立委”羞辱而闪电请辞，马英九认为，身为一个行政官员，应该了解“立法院”本来就有权利了解事务，官员有义务到“立院”备询，即是会挨骂还是得去，所以对于许世楷决定因此离职，他也感到遗憾。