特侦组十一日向台北地院声押陈水扁，却传出特侦组所提供的部分犯罪事实，合议庭有不同见解，裁定羁押部分，仅限于“国务机要费”和龙潭购地案。外界质疑，特侦组在侦讯相关证人及被告时，未在笔录中将扁珍清楚切割，而依“妻涉案、夫想必知情”的经验法则，进而指控他为共犯，作法十分危险。

　　据报道，特侦组在“国务机要费”及龙潭购地案中，掌握陈水扁犯案的关键证据，而非单凭心证办案。办案人员表示，声押庭只是审查有无羁押的要件与必要性，关键证据尚未全部摊开，一旦起诉后，起诉书中会详细载明扁家犯罪事实。

　　据传，陈水扁十二日凌晨在声押庭中的无罪答辩，否认检察官指控的犯罪事实，仅承认吴淑珍收了五亿元新台币政治献金，加上特侦组日前就讯吴淑珍时，她也否认在龙潭案收受辜成允交付的四亿多元佣金，仅坦承收两亿元政治献金，更驳斥蔡铭哲为其白手套。

　　据了解，特侦组九月二十五日在陈镇慧木栅住处搜出随身碟，档案中记载十五项以“机密外交”名义不实核销“国务机要费”，同时在取得陈镇慧、林德训及马永成等人供词后发现，三人在制作、核销“国务机要费”，分别听命于扁珍两人，涉嫌侵占和诈领“国务费”九千多万元，另掌握相关事证，有助于巩固案情。

　　至于在龙潭购地案中，据了解，扁从先行提供土地使用的决策及买卖协议书、银行转帐传票和汇款凭条等书证，都直指陈水扁收贿，如今扁珍对政治献金的说词不一，也成为特侦组侦办的重点。