在记者会上，陈水扁除了说自己的机要费用途外，同时还质疑马英九的特别费使用情况。陈水扁称，机要费是最早、最特别的特别费，马英九的特别费案判决可作为机要费案的参考。陈水扁说，马英九被判无罪，是因为台湾司法部门认定特别费是实质补贴，但实质补贴之说却被“最高法院”推翻；“最高法院”认为马英九的捐款大于特别费，因此认定马英九没有犯意。而他的机要费也是支出大于收入。 据报道，陈水扁曾向检察官表示，有些对他有利的机密事证还没有提出，他计划要把数据交给特侦组。不过特侦组至今尚未收到陈水扁或委任律师提出所谓的“机密事证“。